2007年5月23日星期三

在xserve1上安装GATE

通过VNC控制xserve1,安装GATE,和原先在desktop上本地安装有一些区别,主要是:

1. 为了以后能在其他node上直接运行,Gate和其他必需的程序都安装在一个以后被automount的目录下面,这里用的是/Volumes/Gate4Xgrid/

2. 以前CLHEP是通过fink安装的,这次不行

安装细节:

1. 安装X11. Mac OS X 10.4的X11只能通过光盘安装, 下载的版本不行。从Server光盘找到X11User.pkg和X11SDK.pkg,全部传到xserve1并安装。(问题:如果要用xgrid,其他node是否都要安装X11?)

2. 下载clhep的binary解压缩到/Volume/Gate4Xgrid/clhep- 1.9.3.1下面 (后来发现,clhep的binary里面没有HepMC,所以导致Geant安装失败。)

"The latest release is 1.9.3.1 and 2.0.3.1, released on October 18, 2006.
Note that HepPDT, HepMC, and StdHep are no longer being built."

最后,安装了binary的 CLHEP 2.0.3.1 for gcc 4.0 ,然后把我desktop已正常使用的CLHEP(通过fink安装的)下面的HepMC, HepPDT, StdHep三个文件夹的内容全部ftp到xserve1的/Volume/Gate4Xgrid/CLHEP/include/CLHEP/HepMC, etc... 再编译geant4的时候就通过了。

3. 安装XCode2.0(同样的问题:其他node怎么办?Xcode是编译Geant4的时候需要呢,还是运行的时候也需要?)

4. 到 http://geant4.web.cern.ch/geant4/support/source_archive.shtml 下载Geant4 8.1 "Unix tar format, compressed using gzip"。解压缩后把整个文件夹geant4.8.1.p02移到/Volume/Gate4Xgrid/下面

5. mkdir /Volume/Gate4Xgrid/geant4.8.1.p02/data, 下载 "data files for low energy electromagnetic processes" G4EMLOW.3.0.tar.gz,以及其他数据,放到data下面

6. 安装root5.12 : 下载root源程序,放到/Volumes/Gate4Xgrid/root下面,运行./configure macosx,设置环境变量ROOTSYS=/Volumes/Gate4Xgrid/root,再运行make,结果出错。然后下载了binary,直接放到/Volumes/Gate4Xgrid/root-5.12下面,可以运行。

7. 在/Volumes/Gate4Xgrid/geant4.8.1.p02 下运行 ./Configure -build,通过。

8. 在/Volumes/Gate4Xgrid/geant4.8.1.p02 下运行 ./Configure,生成env.sh和env.csh

9. 把gate3.1.1源程序放到/Volumes/Gate4Xgrid/gate_v3.1.1,编写.cshrc文件如下:

setenv ROOTSYS /Volumes/Gate4Xgrid/root- 5.12
setenv DISPLAY :0.0
setenv G4INSTALL /Volumes/Gate4Xgrid/geant4.8.1.p02/
setenv G4WORKDIR /Volumes/Gate4Xgrid/geant4.8.1.p02/
setenv G4VERSION "8.1"
setenv GATEHOME "/Volumes/Gate4Xgrid/gate_v3.1.1"
set path = ($path /usr/loca/bin/  ${ROOTSYS}/bin ${GATEHOME}/bin/Darwin-g++)

setenv LD_LIBRARY_PATH "${ROOTSYS}/lib"
setenv DYLD_LIBRARY_PATH "${ROOTSYS}/lib"

source /Volumes/Gate4Xgrid/gate_v3.1.1/env_gate.csh

10. 运行make,编译Gate,通过。

11. 运行Gate,出错:
dyld: Library not loaded: libCLHEP-2.0.3.1.dylib
  Referenced from: /Volumes/Gate4Xgrid/gate_v3.1.1/bin/Darwin-g++/Gate
  Reason: image not found

检查/Volumes/Gate4Xgrid/CLHEP/lib/libCLHEP-2.0.3.1.dylib,存在
检查环境变量: printenv |grep CLHEP
CLHEP_BASE_DIR=/Volumes/Gate4Xgrid/CLHEP
CLHEP_INCLUDE_DIR=/Volumes/Gate4Xgrid/CLHEP/include
CLHEP_LIB_DIR=/Volumes/Gate4Xgrid/CLHEP/lib
CLHEP_LIB=CLHEP
不知道什么原因,Gate运行的时候,没有从Volumes/Gate4Xgrid/CLHEP/lib下面去找libCLHEP-2.0.3.1.dylib,而是从当前目录。cd到/Volumes/Gate4Xgrid/CLHEP/lib下面再运行Gate,成功启动。








1 条评论:

时间 2009年4月22日 23:53 , Blogger Garry 说...

我在Ubuntu上面安装的GATE为什么每一次运行都要冲洗设置环境变量,make。 一直没有找到问题。 下次运行就会提示找不到libGate.so

 

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