GATE指的是Geant4 Application for Emission Tomography. 这里是几个学习GATE的中国人的博客兼邮件列表。欢迎加入我们的学习团队！
由于GATE本身是一个非常普通的英语单词，所以在用Google搜索时经常出现大量无关的结果。我们利用Google提供的定制引擎功能，将搜索结果限制在特定的网站内，这就是我们的“专用GATE搜索引擎”。目前主要网页来源为GATE的邮件列表。如果大家知道其他专门面对GATE研究的网站或网页，请告诉我以便添加到这个引擎里。
我的simulation里有下面三个模块：
# ENERGY BLURRING
/gate/digitizer/Singles/insert blurring
/gate/digitizer/Singles/blurring/setResolution 0.0
/gate/digitizer/Singles/blurring/setEnergyOfReference 140. keV
# THRESHOLDER / UPHOLDER (refer to benchmarkSPECT)
/gate/digitizer/Singles/insert thresholder
/gate/digitizer/Singles/thresholder/setThreshold 20. keV
/gate/digitizer/Singles/insert upholder
/gate/digitizer/Singles/upholder/setUphold 190. keV
/gate/digitizer/Singles/thresholder/verbose 0
#PILEUP
/gate/digitizer/Singles/insert pileup
/gate/digitizer/Singles/pileup/setDepth 4
/gate/digitizer/Singles/pileup/setPileup 60 ns
#DEADTIME
/gate/digitizer/Singles/insert deadtime
/gate/digitizer/Singles/deadtime/setDeadTime 1000 ns
/gate/digitizer/Singles/deadtime/setMode nonparalysable
/gate/digitizer/Singles/deadtime/chooseDTVolume rsector
为了看到pileup的效果，source使用了高达10^10Bq的点源，并且把energy resolution设成了0.
运行结果里大部分events的能量都是140keV，少数低于140（由于crystal的compton等效应），更少数是280keV（两个140叠加）。问题是：我既然设置了setUphold
190. keV，为什么这些280keV的例子仍然被记录了？
手册里提供了一个noise模块：
/gate/distributions/name energy_distrib
/gate/distributions/insert Gaussian
/gate/distributions/energy_distrib/setMean 140 keV
/gate/distributions/energy_distrib/setSigma 1 keV
/gate/distributions/name dt_distrib
/gate/distributions/insert Exponential
/gate/distributions/dt_distrib/setLambda 7.57 mus
/gate/digitizer/Singles/insert noise
/gate/digitizer/Singles/noise/setDeltaTDistribution dt_distrib
/gate/digitizer/Singles/noise/setEnergyDistribution energy_distrib
加上这个模块以后，总的计数居然减少了（其他条件完全一样）。
我问同事在Gate里如何模拟不同系统对crystal-PMT结构的不同设计, 他的回答是:
基于前面和Wu GC及其他同事的讨论, 我意识到以前对Mosaic的detector系统的定义存在一些问题.
我也感觉Gate应该象你说的那样，但实际上Gate在每次模拟时都要使用一个产生随机数的"种子"文件(通常命名为seed1.rndm, seed2.rndm等)。如果两次模拟使用同一个种子文件（即/gate/output/root/setSaveRndmFlag 0），那么重复运行产生的数据是完全一样的。这一点Gate-user邮件列表上多个人提到过，你也可以验证一下。
我认为： gate模拟中每次产生随机数的概率都应该是随机的，既然这样，即使是同一个 script模拟出来的数据也应该是不完全一样的，而整体的趋势应该是一样的。这包括同一个 script在同一台机器上模拟和不同机器上的模拟，在数据上都应该是有差别的，而最终的趋势是不变的。我记得我也曾做过类似的试验，结果是数据不一样，但产生的弦图是一样的。这是我的观点，不知是否合理。
Wu GC
最近在考虑一个问题: Gate里定义系统的时候, 要求基于现有的几个系统之一("scanner", "SPECTHead", "cylindricalPET", "ecat", and "CPET"), 那么在选用不同的系统时, 除了定义crystal的几何位置的方法不同之外, 还有没有更深层次的区别? 比如不同系统在 digitizer 的实现上有没有内在的区别?
对于第一个问题中，我认为：将 crystal repeater 6次，是表示该 CPET系统有 6个 crystal组成，要是直接定义成 360度的话，就相当于所定义的 CPET系统只有一个 crystal 组成了。
第二个问题的情况我也遇到过，有好的解决方法还请告之。
1. 例子里先定义一个60度的"扇形"：
I am trying to make a simulation of the scanner based on CPET system. In
order to define the CPET system, I am followng the GATE manual (version
3.0.0. from 27 July 2006). The problem is, that after the definition of
the CPET system, Gate crashes at the step:
/gate/systems/CPET/crystal/attach crystal
and gives the following error message:
---------------------------------------------
*** Break *** segmentation violation
Generating stack trace...
0x081df936 in
GateBoxCreatorComponent::IsValidAttachmentRequest(GateAutoplacedCreatorInserter*)
const + 0x46 from Gate
0x0826b040 in GateSystemComponent::SetInserter(GateVObjectInserter*) +
0x50 from Gate
0x0830492c in GateSystemComponentMessenger::SetNewValue(G4UIcommand*,
G4String) + 0x7c from Gate
0x088aac24 in G4UIcommand::DoIt(G4String) + 0xaa4 from Gate
0x088b4aa7 in G4UImanager::ApplyCommand(char const*) + 0x4f7 from Gate
0x088c1ed9 in G4UIbatch::SessionStart() + 0x199 from Gate
0x088b3451 in G4UImanager::ExecuteMacroFile(char const*) + 0x41 from Gate
0x088c31b6 in G4UIcontrolMessenger::SetNewValue(G4UIcommand*, G4String) +
0xe6 from Gate
0x088aac24 in G4UIcommand::DoIt(G4String) + 0xaa4 from Gate
0x088b4aa7 in G4UImanager::ApplyCommand(char const*) + 0x4f7 from Gate
0x088c1ed9 in G4UIbatch::SessionStart() + 0x199 from Gate
0x088b3451 in G4UImanager::ExecuteMacroFile(char const*) + 0x41 from Gate
0x088c31b6 in G4UIcontrolMessenger::SetNewValue(G4UIcommand*, G4String) +
0xe6 from Gate
0x088aac24 in G4UIcommand::DoIt(G4String) + 0xaa4 from Gate
0x088b4aa7 in G4UImanager::ApplyCommand(char const*) + 0x4f7 from Gate
0x084236cc in G4UIterminal::ExecuteCommand(G4String) + 0x4c from Gate
0x08423d5a in G4UIterminal::SessionStart() + 0x5a from Gate
0x08186403 in main + 0x353 from Gate
0x017637e4 in __libc_start_main + 0xdc from /lib/libc.so.6
0x08184fb1 in TApplicationImp::ShowMembers(TMemberInspector&, char*) +
0xb5 from Gate
Abort
http://lists.healthgrid.org/archives/gate-users/2007-January/001631.html
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吴先生你好！
Dr. Shawn,
您好！
您所说的两个 volume之间要定义两个 surface该如何理解，因为我在定义时只定义了一个的 surface。
我是这样来定义得，首先，在这之前已定义好了 PMT和 crystal这两个 volume。
/gate/crystal/surfaces/name PMTsurf
/gate/crystal/surfaces/insert PMT
/gate/crystal/surfaces/PMTsurf/setSurface prefect_apd
这样定义完后应该是在 crystal和 PMT之间定义了一个 surface。这里也没有定义到两个 surface。请指正。
谢谢！
祝您生活开心！
吴
Shawn,
您好！
感谢您的分析，我现在已经基本明白 surface的作用了，今天进行了模拟的尝试，已经取得了成功。在之前的模拟过程中没有明确去定义 PMT 。而是直接将digitizer 连接到了crystal 上，我把digitizer 理解为是PMT ，所以在定义surface 时由于少一个volume 而总是实现不了。
我之所以将设置 surface理解为是光导，这是由于我们现在的 PET系统中有这种 light guide。我想将这个 light guide在模拟的过程中也加上，所以看到 surface就将它与我们的光导联系起来了。
祝您开心！
吴
吴先生你好！
Shawn ，
您好！
我在看 gate手册的第 12章 Generating and tracking optical photons 时，有点问题想向您请教，就是在定义 surface时我认为是把 surface放在晶体和光电倍增管之间的，相当于是一个光导的作用。
所用的脚本是：
/gate/volume1/surfaces/name surface1
/gate/volume1/surfaces/insert volume2
在这的 volume1 和 volume2是事先就定义好的两个 volume。我按照这样定义结果不行，其实我还是没有弄明白如何将 volume2 insert到 volume1 上，因为这中间还有一个 surfaces。
另外，上次向您请教过的联机模拟的事，我们现在由于机器配置不行，联机实现还在进行中。
吴
原来是：
/gate/world/daughters/name vxphantom
/gate/world/daughters/insert parameterizedBoxMatrix
更换为：
/gate/world/daughters/insert compressedMatrix
正常读入phantom文件，没有碰到问题。
后台运行Xgrid程序有时候出现cluster上任务已取消而本地任务还在运行的情况，可以使用下面命令kill所有xgrid 任务：
ps axco pid,command | awk '/xgrid/{ print $1 }' | xargs kill
或者：
killall -3 xgrid
如果repeat number是奇数（53、55）的时候就没有这个错误，而偶数时（52、54）就出现这个错误。
在模拟mosaic的过程中，使用了linear repeater来重复axial方向上的52个crystal，但是有时候（不总是）出现Overlapping daughter volumes
/gate/crystal/repeaters/insert linear
/gate/crystal/linear/setRepeatNumber 52
/gate/crystal/linear/setRepeatVector 0. 0. 2.3 mm
/gate/crystal/linear/autoCenter true
Shawn, 中国人，目前在美国一所大学从事医疗器械方面的研究工作。这里是他根据自己的学习兴趣创建的学习小组，欢迎有共同兴趣的朋友加入。一起学习，一起进步。Sharing is good!
